Šunjiću se ranije sudilo za zločin protiv čovječnosti sa Juretom Kordićem, Draženom Lovrićem, Dariom Sušcem, Nedžadom Tinjakom, Nuhanom Šikalom, Dariom Mihaljem, Stankom Škobićem, Tomislavom Ančićem i Slavkom Golomcem.
Svi optuženi su bili pripadnici Prve bojne Druge brigade i "Kažnjeničke bojne" Hrvatskog vijeća obrane (HVO). Optužnica ih tereti za zatvaranje u logore "Heliodrom" i "Vojno", progon i teška zlostavljanja bošnjačkog stanovništva Mostara, počinjena tokom 1992. i 1993. godine, čime su, kako je navedeno, svjesno učestvovali u udruženom zločinačkom poduhvatu.